祝味菊先生著作較多。據初步查檢．有《傷寒質難》、《傷寒方解》、《傷寒新義》、《病理發揮》、《脈學舉隅》、《祝氏醫學叢書十種》等。其中《傷寒質難》一書．以師生問答形式爲體例．由祝味菊先生口述．陳蘇生執筆合作完成，全書約10余萬言．爲反映祝先生學術思想之代表作．于1950年出版發行。關於此書出版之動機．祝先生說：“我書之出．不過供治醫者商討研究．初非欲以此變異中醫學．亦非欲自成一家言·與當世賢豪較其長短也。”但因爲有鑒於中西醫的對立“已有數十年了．至今還是劃如鴻溝．互相攻訐．我覺得長此爭論下去．終不會爭出什麽好結果。我們不想空談中西醫的優劣．而想引起彼此間的認識和瞭解．這了社會．爲了學術．我們總該想個辦法·使它們接近．使它們得到一個聯繫的橋梁。”祝先生懷著這樣一個目的．編著出版了《傷寒質難》一書．以期望“能夠引起中醫傾向于科學的趨勢．能夠引起西醫重行檢討中醫的興趣”．從而促使彼此“泯除新舊之成見．合中西醫爲一家”。《傷寒質難》在付梓前曾經陸淵雷先生作文字修潤。陸先生說：“予交祝君久，知其雖工醫．頗不汲汲於著書．既得陳君而著書矣。複不汲汲於印行．今競印行者．誠所謂因緣湊合．非有所勉強也。質難稿初成．予嘗爲之稍潤色。及其砌板，又爲校閱一過。”
《傷寒質難》出版後．醫界咸爲推重。對其學術價值．前賢諸多譽辭。現節錄若干．以爲印證。 徐相任：“是書於工作方面．則兼采新理；於治法方面．貝有獨運匠心。開中西溝通之先聲，成古今未有之巨著。”“本書最有力之主張．舉其犖犖大者言之，第一爲體力重於病邪．第二陽氣重于陰血．第三爲以五段代六經．此作者之創獲．亦苦心孤詣之獨到處也。”秦伯未謂是書“雖以傷寒爲名．絕不同于張仲景一家，上而素靈．下而葉吳．均有論及。”章次公論是書：“爲我們找到了新的出路．不但在現階段中西醫間築成了聯繫的橋梁．而且指示著今後醫界研究工作中應努力的方向。”“它是一部新舊思想矛盾鬥爭中的産物．它又是新舊醫學轉變過程中的代表作。”“《傷寒質難》一書，雖然在形式上是討論傷寒．其實已經包括了一般中醫的原則大綱。這裏有很豐富的辨證材料．對於彷徨歧途的中醫，大有啓迪作用。”“這是祝君30年來治學的結晶品。” 祝先生在深入研究《傷寒論》的基礎上，用結合臨床實踐所得著成《傷寒質難》一書。提出了諸如邪分有機無機、強調溫熱扶陽外．主張自然本體療法和五段辨病法等觀點，不但很有創見而且有非常的實用意義。尤其是五段辨病理論，創造性地發展了仲景學說。他把六經症候概括爲疾病的五個階段．祝先生說：“吾之所謂六經者．乃代表五種抵抗程式耳。太陽爲開始抵抗．少陽爲抵抗不濟，陽明爲抵抗太過．太陰、少陰同爲抵抗不足，厥陰爲最後之抵抗。一切外感．足以激起正氣之抵抗者，皆不出此五種階段。此吾研究之創獲．敢謂前所未有也。”確實是極有創造性。 祝先生在自序中也認爲他的理論“對舊醫尚未能消化，對新醫又不夠咀嚼，真所謂是兩面不討好的。尤其是批判時醫的地方，難免有開罪同道之謙．這是我萬分抱歉的，但是我又不能作違心之論，只能請他們多多原諒了。”這當然是祝先生的謙遜之辭．但《傷寒質難》一書．不循規蹈矩，敢於獨抒己見、開拓學術新風的精神，在開展百家爭鳴、推動中醫發展諸方面都是非常有裨益的。 祝味菊先生以溫熱扶陽爲診療特色的臨床風格在近代中醫史上是很有影響的。他的《傷寒質難》更是敢於挑戰傳統理論，不怕得罪近賢，敢於開拓創新．啓迪後學的傳世佳作。尤其由祝先生創立的邪分有機無機、五段辨病學說、自然本體療法等學術主張，迄今仍有著進一步深入研究的價值。
中醫對疾病之認識，相互間存在的差異很大．於外感病尤其如此。往往甲日傷寒、乙日溫病、丙日風溫、丁日春溫。實際上，“所謂傷寒，所謂溫熱．都是一種想像之邪”．對外感病可用熱藥治癒者，遂名寒邪，反之，遂名溫邪。故“邪機之推測．乃從藥效反溯而之。”他說：“寒溫皆非致病之源。”六淫只是一種刺激因素．一種媒介。真正的病原是有機之邪．所以，“六淫外感．著人爲病，邪量不復增加。受寒幾分，便病幾分．只有消散．決不增加．此無機之邪．無繁殖之機也”。無機之邪是無形的．“無形之邪，感而即病者．非六氣之致病，實由體工失調耳”。因六淫造病，有如媒妁然．及其既婚．媒者休也。所以．外感病初起，機體出現反應．是正氣抗邪之反動。醫者只要恰當地維持其合度之抵抗，就可縮短療程，不必強辨其病原爲寒爲溫。根據這種認識．祝先生認爲：外感初起發熱．是機體的自然療能．若用涼藥“清而表之，則正傷而表氣不和”．因爲“一切清(涼)藥皆爲抑制亢奮之用，設非有餘．允宜遠避。故同辛散，偏清則抑正而礙表．若非裏氣之亢者．不當選用辛涼。”雖然“傷寒之成，有形有機之邪爲主因，無形無機之邪爲誘因。”須知“仲景之所謂傷寒，指廣義之外。外感因氣候失常，體工失調而病，不必定有細菌也。”當然，六淫至體工失調，促使細菌繁殖，這種情況在外感症中也是多見的，但是病原菌一般都是從口鼻而入，並非從體表而入。皮膚若非破損．則病菌決無從入。如就邪論，這有機、無機二種情況固當知別。但就治療言．即使是挾有有機之邪．初起亦應先糾正體工之失調．恢復機體自身的抗力，排除機能之障礙．去其病菌之所附依．此時“細菌雖仍在體內，也就不害於宿主。所以．一開始就強分病原屬寒屬溫．又不分有機無機．就用辛涼消炎之法．以爲可以殺菌祛邪．實是揠苗助長。”祝先生認爲：“醫之爲工．能扶正以祛邪也，若抑正以縱邪．是階之爲厲也。”“總之．傷寒正邪相搏，止勝則邪負．邪去則正安。正盛而邪惡微．則病有自愈之理；正盛而處理無方．則邪有稽留之虞。”“夫邪氣消長之機．一以陽氣盛衰爲轉歸．善護真陽者，即善治傷寒．此要訣也。”以上論述．即祝先生在臨床上擅長溫熱扶陽的理論依據。
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